Tilannekatsaus koronaviruksesta -infokanava avattu

Radio Vapaa Helsinki aloitti jälleen lähetyksensä 11.4.2020 ja nyt poikkeustilan aikana teemme nettiradioon yhteenvedon Suomen koronavirustilanteesta päivittäin. Pysy kuulolla!

KUUNTELE TILANNEKATSAUKSET TÄSTÄ

Radio Vapaa Helsingin www-sivut löydät tästä osoiteesta: radiovapaahelsinki.fi

Tallennettu kategorioihin Helsinki, korona, SARS-CoV-2 | Avainsanoina , , | Kommentit pois päältä artikkelissa Tilannekatsaus koronaviruksesta -infokanava avattu

Varmistetut koronatapaukset Suomessa (COVID-19)

Tallennettu kategorioihin COVID-19, korona | Avainsanoina | Kommentit pois päältä artikkelissa Varmistetut koronatapaukset Suomessa (COVID-19)

Tartuntaketjujen jäljityksestä

Joulukuussa 2019 alkoi Wuhanissa Kiinassa epidemia, jonka aiheuttaja on ihmiselle uusi koronavirus. Sen aiheuttama tauti on viralliselta nimeltään COVID-19. Taudinaiheuttajavirus on nimetty SARS-CoV-2-virukseksi.

COVID-19 on levinnyt maailmanlaajuiseksi. Maailman terveysjärjestö WHO julisti koronavirusepidemian pandemiaksi 11.3.2020. 

Uusi koronavirus aiheuttaa hengitystieinfektioita. Pienellä osalla tartunnan saaneista kehittyy vakava infektio. Varmistettuihin koronavirusinfektioihin on maailmanlaajuisesti kuollut vajaat 7 % sairastuneista (tilanne 14.5.2020). Kuolleisuus on vaihdellut maittain alle 1 %:sta yli 10 %:iin. Infektioon menehtyneillä on ollut elimistön puolustuskykyä heikentäviä perussairauksia useammin kuin siitä toipuneilla, ja he ovat usein olleet iäkkäämpiä henkilöitä.

Suomessa raportoiduista sairastuneista noin puolet on ollut 40–70-vuotiaita ja noin kolmannes 20–40-vuotiaita. Lasten oireet ovat yleensä lieviä (Lähde).

Tarttuvuus

Arvio tartuttavuusluvusta (R0) vaihtelee lähteestä riippuen 2-3 välillä. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että yksi tartunnan saanut tartuttaa taudin 2-3 ihmiseen. Normaaliflunssassa tuo lukema on 1.3. 

Tartuntalukuarvosta on myös raportteja, joissa se olisikin tässä tapauksessa lähempänä lukuarvoa 5.7 ja tällöin vaihteluväli olisikin 3.8 – 8.9. Tässä kohtaa voidaan puhua supertartuttajista ja tämä on kokonaisuus, joka vaatii vielä paljon lisätutkimuksia mistä on kysymys. 

SARS-CoV2 -virukseen liittyy epämiellyttävänä ominaisuutena sen kyky tarttua oireettoman kantajan toimesta. 

Immuniteetti

Suurin ja ratkaisevin kysymys on, että voiko tartunnan saanut ja taudista parantunut saada riittävän vastustuskyvyn uutta tartuntaa vastaan. Tämän taudin suhteen tätäkään asiaa emme vielä tiedä, koska tauti on aivan uusi ihmiselle. Tämän johdosta ainoa tapa hidastaa viruksen leviämistä on sosiaalisten kontaktien välttäminen. Näin onkin toimittu ja maa toisensa jälkeen on asettanut rajoituksia. Ruotsissa luotetaan laumaimmuniteetin syntymiseen, joka sinänsä on hassua, koska emmehän tiedä kuinka pitkäkestoinen immuniteetti COVID19-taudin sairastaneet ylipäänsä saavat. 

Itämisaika 

Itämisaika tässä tapauksessa on keskimäärin 5.5. päivää. Normaaliflunssassa 3 vuorokautta (Lähde)  Oireetonkin taudinkantaja voi levittää tautia ja tämä on yksi suuremmista ongelmista tämän taudin suhteen. Nyt tuoreimmat tiedot Kiinasta kertovat, että siellä  olisi havaittu saman viruksen uudenlainen tautityyppi, joissa itämisaika olisikin peräti 14 vuorokautta, ennen oireiden ilmaantumista. Kuulostaa hieman pelottavalta ja tässähän on pakostikin kysymyksessä mitä ilmeisimmin viruksen mutaatio. 

Kuolettavuus tai kuolleisuus

Maailmanlaajuisten aineistojen perusteella kuolleisuus tartunnan saaneiden osalta on n. 6.9%. Vertailuna mainittakoon, että tavallisessa kausi-influenssassa tämä osuus on 0.1%. Tämä on laskettu vahvistettujen tartuntojen osalta. Mikäli mukaan otetaan ns. havaitsemattomat tartunnat, niin kuolleisuuden vaihteluvälin on arvioitu tällöin olevan 0.3 – 1.3 %. 

Taudin vakavan ja sairaalahoitoa vaativan muodon saa 19 % taudin kantajista. Näistä n. neljäsosa vaatii laiteapua hengityksen turvaamiseksi. 

Rokotteen kehittäminen

Oxfordin yliopiston tutkijat ovat ilmeisesti pisimmällä tässä suhteessa ja sieltä on ilmaistu, että rokote olisi käyttövalmiina tämän vuoden lokakuussa. Nyt yksi avainkysymyksistä on, että riittääkö yhdentyyppinen rokote vai pitääkö sen eri mutaatiolle kehittää oma rokotteensa. Hyvin perustavaa laatua oleva kysymys, johon emme vielä tiedä vastausta. 

Rajoitusten käyttöönotto ja soveltaminen ovat ainoa keino hidastaa viruksen leviämistä, ennen kuin rokotteen avulla saamme lisäsuojaa kyseistä tautia vastaan. 

On toki mahdollista, että nyt kehitteillä olevat rokotteetkaan eivät anna suojaa uusilta tartunnoilta ja näin ollen tuleekin varautua hyvin pitkään ajanjaksoon, jonka aikana joudutaan turvautumaan suuruusluokaltaan erilaisiin rajoituksiin. 

Testaus

Eri vaiheessa tulee testauksen palvella tavoitetta. Tartuntaketjujen testaukset ja muulla tavoin laajat testaukset kaikille, joilla on syytä epäillä olevan COVID-19 tauti. Rajoitusten purkuvaiheessa on syytä laajentaa testausta työpaikoilla siten, että vältytään uusilta tautiryväksiltä. Laajemman purkuvaiheen testaukset tulee hoitaa siten, että taudin leviäminen pystytään välittömästi rajaamaan ja vältytään alueellisesti laajemmilta rajoitustoimilta. 

Eri maanosat ja yksittäiset maat ovat eri vaiheessa pandemiaa. Näiden vaiheiden mukaisesti testauksen tulisi laajeta. Testauksen tavoitteena tulisikin olla taudin hidastaminen ja sitten myöhemmässä vaiheessa testeillä mahdollistetaan rajoitusten purkaminen hallitusti. Tällä hetkellä meillä Suomessa testataan oireenmukaisesti ja kohdennetusti, mikäli tarvetta ilmenee. Rajoitusten purkuvaiheessa testausta tuleekin laajentaa, jotta tautitilanne ei pääse riistäytymään käsistä hallitsemattomaksi.  

Pandemian hallinnan eri vaiheet

Alla pääkohdittain ennen rokotetta olevat vaiheet. Vaikka saisimmekin rokotteen käyttöön tämän vuoden aikana, niin on aivan mahdollista, että viruksen mutatoituminen käynnistää alla olevia vaiheita uudelleen. Tosin olemme siinä vaiheessa jo paremmin valmistautuneita kyseisiin tilanteisiin. 

1. Rajoitusaikainen toimintamalli, jossa laajasti rajoitetaan yhteiskunnan eri toimintoja. Pääosin olemme vielä tässä vaiheessa ja kuten edellä todettiin, niin eri maat ovat hieman eri vaiheessa pandempiaa. Testauksen lisäksi on tärkeää saada tartuntaketjujälitys toimivaksi jo tässä vaiheessa. 

2. Rajoitusten purku vaiheittain ja yhteiskuntien avaaminen pikkuhiljaa lähes normaalitoimintaan. Lisätartuntoja hillitään ja ehkäistään tehokkaalla tartuntaketjujäljityksellä. Seurannan ja tietojenvaihdon tulee olla kansallisesti sujuvaa ja  kansainvälisestikin jouheaa, jotta tuoreimmat tiedot esim. hoitokäytännöistä ovat kaikkien toimijoiden käytettävissä. Tässä vaiheessa olemme Suomessa tällä hetkellä.  

3. Kolmantena vaiheena laajemmat rajoitusten purkamiset, jolloin testauskapasiteetti maksimoidaan. Liikkuminen mahdollistuu, mikäli testaus on luotettavaa ja nopeaa. Samaan aikaan seurataan tarkasti tartuntatilannetta, jotta uusilta epidemia-aalloilta vältytään. On aivan mahdollista, että tilanne jatkuu poikkeustilana vielä pitkään useamman vuoden ajan. Tältä osin kaikki tähän liittyvien prosessien tuleekin toimia ketterästi ja yhteistyössä kansainvälisten toimijoiden kanssa, koska epidemiavaiheet ovat eriaikaisia maanosittain ja eri valtioidenkin välillä.  

4. Rokotusvaihe seuraa edellä olevia vaiheita riippuen siitä, missä vaiheessa maakohtaisesti ollaan. Saattaa olla, että on järkevää aloittaa rokotukset sieltä, missä epidemia on aktiivisin. Tästä lisää tulevissa kirjoituksissani. 

Tartuntaketjujen jäljitys

Kohdennettu ja tarpeen mukainen eristäminen tilanteessa, jossa meillä ei vielä ole käytettävissä rokotetta mahdollistuu vain, mikäli tartutuntaketjujäljitys toimii luotettavasti. Jäljitys tuleekin tehdä siten, että siihen on varattu riittävästi resursseja. Jäljitys johtaa karanteeneihin ja tältä osin on turvattava, että karanteeniin määrätyt henkilöt noudattavat karanteenimääräyksiä, jotta vuotoja tässä kohtaa ei pääsisi syntymään. Tämän varmistamiseksi elintarvikejakelu ja muut riittävät tukitoiminnot  tulee mahdollistaa kaikille karanteenin määrätyille. Myös taloudellinen tuki. 

Jäljitykseen liittyy myös potentiaalisten altistuneiden tiedottaminen ja tässä suhteessa esimerkkinä mainittakoon Etelä-Korea, jossa asia  hoidettiin tekstiviesteillä. Näin pystyttiin antamaan kohdennettuja ja oikea-aikaisia kehoitteita niille henkilöille, joiden olisi syytä mennä testeihin hyvinkin lyhyellä varoitusajalla. 

Jäljityksen suhteen on tehty arvioita siihen tarvittavista resursseista ja ajankäytöstä.  Euroopan tautienehkäisy- ja -valvontakeskus (ECDC) on tehnyt ehdotukset prosessista ja resurssitarpeista jäljitykseen liittyen teknisessä raportissaan. (Lähde). 

Kontaktien jäljittäminen vaatii koordinointia useiden paikallisten tai alueellisten sairaanhoitopiirien  välillä, koska tapaukset ja yhteydet voivat olla maantieteellisesti hyvinkin hajaantuneet. Tarvitaan laaja-alaista osaamista, jotta työskentely toimisi yhdenmukaisesti koko maassa. Tarvitaan yhteisiä prosessimalleja ja kyselylomakkeita strukturoidussa muodossa, jotta tietoa pystytään käyttämään valtakunnallisesti hyödyksi jäljityksessä. 

Heti tartunnan vahvistamisen jälkeen henkilö olisi haastateltava, ja yhteyshenkilöt olisi lueteltava ja luokiteltava korkean riskin altistumiseksi (’läheinen yhteys’) tai matalan riskin altistumiseksi koskeviksi kontakteiksi. Terveysviranomaiset seuraavat aktiivisesti korkean riskin altistumisen yhteyksiä, kun taas alhaisen riskin altistumisen yhteydessä henkilöiden tulee itse seurata oireita ja välttää sosiaalisia kontakteja. Karanteenia, vapaaehtoinen karanteeni mukaan lukien, voidaan harkita riskialtistuksen yhteydessä. Operatiivisella tasolla tarvittavat resurssit ovat verrannollisia tutkittujen tapausten määrään ja jäljitettäviin yhteyksiin. 

Yhtä infektoitunutta potilasta kohden tarvitaan jäljitysresurssien työpanosta n. 60 tuntia. Työaika sisältää haastattelut, riskiarviot, altistuneiden informoinnin, oireita saaneiden kontaktien testaukseen ohjauksen ja kahden viikon karanteeniin määrättyjen henkilöiden valvontaan liittyviä tehtäviä. Tässä kohtaan en mene tämän työn tarkempiin yksityiskohtiin, mutta sanomattakin on selvää, että tämä työ vaatii runsaasti aikaa ja resursseja. Kaikki kerätty tieto tulee saattaa myös tietokantaan, jotta sinne tallennetut tiedot ovat strategisen työryhmän käytettävissä. 

Korkean altistumisstatuksen omaavilla voi olla keskimäärin 36 kontaktia. Kaiken kaikkiaan kontakteja voi olla yhteensä lähes 90 (Lähde).

Tapausten lisääntyessä on entistä haastavampaa jäljittää kaikki  yhteydet. Vaikka kaikkia kontakteja ja altistuksia ei onnistuttaisikaan saamaan kiinni, niin yhdenkin altistuneen kiinni saaminen saattaa estää epidemian hallitsemattoman leviämisen. Tähän tarkoitukseen tarvitaan myös muita teknologioita, joiden avulla laajojen kontaktiverkostojen jäljitys onnistuu huomattavan tehokkaasti. 

Tallennettu kategorioihin COVID-19, immuniteetti, tarttuvuusluku, tartuntaketjut | Avainsanoina | Kommentit pois päältä artikkelissa Tartuntaketjujen jäljityksestä

Päätöksentekoa epävarmuuden vallitessa

Koronatilanne Suomessa on tätä kirjoitusta kirjoitettaessa rauhoittunut ja varmennettuja tartuntatapauksia on Suomessa todettu 12.5.2020 yhteensä 6003. Sairaanhoitopiireittäin tarkastellen muutaman päivän ajan vain HUS -alueella on ilmennyt merkittävissä määrin uusia tautitapauksia. Kansainvälisten artikkeleiden ja muista maista saatujen tietojen mukaan todelliset tartuntamäärät voivat olla jopa 50 kertaisia varmistettuihin tapauksiin verrattuna. Tällä perusteella meillä olisikin tartuntoja lähes 300 000. 

Rajoituksia ollaan pikkuhiljaa purkamassa ja tämä näkyy varmasti tartuntatilanteessa. Esimerkiksi Tanskassa koulujen avaus nosti R0 -lukuarvoa 0,3 yksiköllä (0,6 -> 0,9). Päättäjillä on suuri vastuu, koska joutuvat tekemään päätöksiä suuren epävarmuuden vallitessa. Todennäköisesti Suomessakin R0 -arvo tulee nousemaan, mutta kuinka paljon, jää nähtäväksi.  

John Hopkins -sivuston mukaan maailmassa on jo yli 4.2 miljoona  varmistettua tartuntaa ja 286 900 on kuollut COVID-19 -sairauteen. Edellä olevan perusteella koko maailman tartuntojen lukumäärä voi hyvinkin olla yli 200 miljoona. 

Tartuntatilanteen tasoittuessa ja painuessa alaspäin on syytä miettiä kaikkia niitä keinoja, joilla voidaan tehokkaasti rajoittaa tartuntojen leviämistä. Tartuntaketjujen jäljitys ja tietyllä tavalla toimenpiteiden rajaaminen alueellisesti tulee olemaan lähitulevaisuudessa merkittävin keino hallita tilannetta. Kukaan ei vielä tiedä mitä tapahtuu syksyllä ja on myös vaarana, että tautihuippu kohdataan Suomessakin vasta loppuvuodesta. 

Tilanne maailmalla

Maailma on ottamassa koronan vastaisissa toimissa uuden vaihteen. Valtiot luopuvat vaiheittain koulujen, kaupunkien ja jopa kokonaisten maiden sulkemisesta. Tilalle tulee testaaminen, tartuntaketjujen jäljitys sekä karanteeni. 

Yhdysvallat

COVID-19 tautiin on sairastunut ainakin 1.3 miljoonaa amerikkalaista. Sairauteen  on tähän mennessä (11.5.2020 New York Times) kuollut lähes 80 000. Minnesotassa, Arizonassa ja Alabamassa ei näy vielä uusien tartuntojen suhteen hiljenemisen merkkejä. Uusien tartuntojen suhteen ollaan vielä 20 000 tartuntatapauksen päivävauhdissa, vaikkakin pientä hiipumista on nähtävissä. 

Kanada

COVID-19 tautiin on sairastunut lähes 70 000. Kuolleita on tähän mennessä rekisteröity 4800. Ensimmäinen tartunta todettiin 25.1.2020 Wuhanista Torontoon saapuneelta matkustajalta. Päivää myöhemmin hänen vaimonsa näyte todettiin positiiviseksi. 

Ranska

Tautiin on sairastunut lähes 140 000 ranskalaista. Kuolleita tähän mennessä on n. 26 400. Sairaalassa olevien ja tehohoitoa vaatineiden potilaiden määrä on vähenemässä, mutta vielä ei voida sanoa, että epidemia olisi mitenkään selätetty. Ranskassa rajoitukset liikkumisen ja asioinnin suhteen astuivat voimaan maaliskuun puolivälissä. Maa on jaettu “vihreään” ja “punaiseen” suuralueeseen, joissa noudatetaan erilaisia rajoitustoimia. Maskin käyttäminen julkisissa liikennevälineissä on pakollista. 

Saksa

Saksassa COVID-19 tartuntoja on havaittu yhteensä 170 508. Kuolleita tähän mennessä yhteensä 7 533. Rajoituksia on alettu purkaa ja mikäli tartuntamäärät kasvavat yli 50 per 100 000 asukasta kohden, on niihin palattava uudelleen. Väkimäärältään 83 miljoonan maassa on pystytty tekemään 140 000 testiä päivittäin ja satoja terveydenhuollon ammattilaista on koulutettu auttamaan viranomaisia tautiketjujen jäljityksessä. 

Intia

Intiassa on otettu käyttöön järeät rajoitustoimet ja se koskettaa koko valtakunnan alueella lähes 1.3 miljardia ihmistä. Rajoitukset astuivat voimaan 25.3.2020 ja niitä on tarkoitus purkaa 17.5.2020 lähtien. Intiassa on toistaiseksi todettu lähes 68 000 tapausta ja tautiin kuolleita on raportoitu olevan 2 200.  (Lähde: The New York Times 11.5.2020). 

Päätöksentekoa epävarmuuden vallitessa

Tietämystä kertyy koko ajan enemmän SARS-CoV2 -viruksesta. Tartuntamäärät sellaisenaan eivät anna oikeaa kuvaa taudin leviämisestä väestössä. Todelliset tartuntamäärät ovat suurempia ja voivat poiketa alueellisesti suurestikin, toki samassa suhteessa vahvistettujen tartuntojen kanssa. Tämä tosiasia antaa vahvan perusteen saada vihdoinkin jäljitysprosessi toimivaksi mahdollisimman pikaisesti. Ilman sitä ei asiaa voida saada haltuun, enkä missään tapauksessa lähtisi tekemään rajoitusten purkua, ennen kuin tämä asia on kunnossa. 

Pandemian ollessa kyseessä täytyy myös muistaa, että pelkästään maakohtaiset toimet eivät riitä kovinkaan pitkälle, vaan tietämystä hyvistä käytänteistä, niin taudin hoidossa, kuin sen rajoittamismenetelmissä tuleekin tehdä aktiivisesti eri maiden välillä. 

Tartuntaketjujen jäljityksessä on suoria tapoja saada asia haltuun, mutta sitten on myös välillisiä keinoja, joita lämpimästi suositan virustaudin taltuttamisessa. Välillisistä keinoista kirjoitan myöhemmin lisää, mutta käytännössä ne liittyvät mobiiliverkon hyödyntämiseen ja matkapuhelimissa jo olemassa olevaan teknologiaan

Vasta-ainetestit

Vasta-ainetestejä on alettu tekemään Suomessa satunnaisotannalla. Tutkimuksen päätarkoituksena on selvittää ajantasaisesti, kuinka suurella osuudella väestöstä on muodostunut vasta-aineita osoituksena aiemmasta koronaviruksen kohtaamisesta (ns. seroprevalenssi). Lisäksi tutkimuksessa mitataan vasta-aineiden määrää ja seurataan, kuinka pitkään vasta-aineet säilyvät. Arvioimalla vasta-aineiden esiintymistä väestössä voidaan seurata, kuinka laajasti epidemia on levinnyt eri ikäryhmissä ja eri alueilla. Tiedot tukevat päätöksentekoa, kun arvioidaan, mitä toimenpiteitä epidemian hallitsemiseen kulloisessakin vaiheessa tarvitaan. Tutkittavia, joiden verinäytteessä esiintyy SARS-CoV-2-koronaviruksen vasta-aineita, voidaan pyytää mukaan jatkoseurantaan, jossa seurataan vasta-ainetason säilymistä uusintanäytteissä. Tähän osatutkimukseen pyydetään suostumus erikseen.  (Lähde: https://thl.fi/fi/-/thl-tutkii-koronaviruksen-leviamista-vaestossa-vasta-ainetutkimuksella-tutkimukseen-kutsutaan-osallistujia-satunnaisotannalla).

Uudenmaan osalta on ehditty tutkia 1504 näytettä. Näistä vasta-aineita on löytynyt 38 näytteestä. Mikroneutralisaatiotestiin on edennyt 8.5.2020 mennessä 1146 näytettä ja näistä on ehditty tällä menetelmällä testata 27 näytettä. Näistä kolmella on ollut positiivinen tulos. MNT (mikroneutralisaatiotesti) mittaa virusta neutraloivia toiminnallisia vasta-aineita. Nämä vasta-aineet myös todennäköisimmin kertovat ainakin lyhytaikaisen suojaavan immuniteetin muodostumisesta. 

Toistaiseksi ei ole kuitenkaan tutkimustietoa siitä, minkälainen immuunivaste tuottaa suojaa COVID-19-tautia tai -tartuntaa vastaan. Alhainen positiivisten tulosten määrä kertoo osaltaan sen, että tauti ei ole levinnyt väestössä kovinkaan laajasti. Rajoitustoimet ovat siis purreet varsin hyvin. 

Toisaalta tässä kohtaa herää myös kysymys, että onko pahin vasta edessäpäin ja onko tämän perusteella rajoitusten purku hieman ennenaikaista. https://thl.fi/fi/-/uudenmaan-vaestossa-vain-harvalla-esiintyy-uuden-koronaviruksen-vasta-aineita).

Malleissa käytetyistä lähtöarvoista

Hetemäen raportissa oli viittaus Suomessa käytettyyn malliin, jonka perusteella on nyt tehty rajoitusten poistopäätöksiä. Yleisesti voidaan todeta, että mallit ylipäänsä ovat niin hyviä tai huonoja, kuin niihin syötetyt lähtöarvot. 

Mallien parametrisointi alkutilanteen osalta on vaativaa ja helpoin  tapa on asettaa siihen sellaisia lukuja, jotka ovat käyneet toteen taudin aiemmin kokeneissa valtioissa (Kiina, Singapore etc.). Päätöksenteko tällä asetelmalla ei välttämättä ole kovin hyvä asia. SEIR-malli, jota on käyetty päätöksenteon tukena sisältää näin ollen ongelmallisia oletuksia, jotka varmaan aikaa myöten korjataan.

Mallin staattisuus lienee suurin ongelma ja näin ollen tehdyt johtopäätökset sitä kautta tulisikin kyseenalaistaa. Tarvitaan dynaaminen malliasetelma, joka reagoi aikaa myöten tapahtuviin muutoksiin lähtöarvoissa ajantasaisesti. Vasta tämän jälkeen voidaan puhua ja tehdä päätöksiä, jotka vastaavat todellisuutta. Todellinen tilannekuva toukokuun alussa on aivan eri, kuin huhtikuun alussa luotu laskelma. Tilannekuvan saaminen ajantasaisesti tulisikin olla kaiken päätöksenteon lähtökohtana, varsinkin tässä tapauksessa. 

Mallissa käytetty R0-luku on myös kysymyksiä herättävä. Miten voidaan käyttää lähtöarvona sellaista lukuarvoa (2.4), joka ei vastannut todellisesti Suomen olosuhteita epidemian alussa? Alueellisesti tilanne on myös hyvin erilainen eri osissa maata ja tämäkin seikka tulisi huomioida. 

Yhteenveto

Yhteenvetona todettakoon, että COVID-19: n tartuttavuusluku on arvokas muuttuja ainakin yksilötasolla ennustamaan tartuntataudin leviämistä. Väestötason tarkasteluissa asiaan liittyy riskejä, jotka saattavat olla hyvinkin fataaleja. Kokonaisuuden kannalta olisi kuitenkin oleellista, että jatkossa kiinnitettäisiin entistä suurempaa huomiota myös seuraaviin kysymyksiin. 

  1. Mikä on oireettomien kantajien tartuntakyky? 
  2. Kuinka suuri osa tartunnan saaneista on jäänyt tavoittamatta puutteellisen tartuntaketjujäljityksen johdosta? 
  3. Ovatko nykyiset strategiat tartunnan leviämisen estämiseksi tehokkaita? 
  4. Toimiiko aluehallintoviranomaisten tiedonvaihto varmasti, kun tautiryppäitä alkaa ilmetä alueilla rajoitusten purun myötä?
  5. Onko kotieläinten suhteen annettu riittävästi informaatiota COVID19 tautiin liittyen?

Lähteet: THL, COVID-19 R0: Magic number or conundrum?, The New York Times 11.5.2020. 

Internet Radio In Times of Crisis. Radio Vapaa Helsinki – Ajankohtaista koronasta. #covid19 #koronakriisi #Korona #radiovapaahelsinki

Korjaukset: 17.5.2020 korjattu rajoitusten alkaminen Ranskassa. Virheellisesti aloituskuukaudeksi oli merkitty marraskuu.

Tallennettu kategorioihin Helsinki, korona, koronaepidemia | Avainsanoina , | Kommentit pois päältä artikkelissa Päätöksentekoa epävarmuuden vallitessa

Koronaepidemia ja alueelliset täsmärajoitukset

Alueellisiin täsmärajoituksiin on olemassa, tai lähinnä niiden käyttöönoton ketteryyteen, teknisiä ratkaisuja. Seurannan tulee toimia koko valtakunnan alueella, mutta mahdollinen toimeenpano sitten alueellisesti. Tarvitaan on-line -järjestelmiä ja ammattitaitoinen porukka valvontakeskukseen antamaan täsmäohjeita alueille. Tilanteet nimittäin voivat muuttua hyvinkin nopeasti.

Rajoitusten purkaminen vaiheittain on toki tervetullutta. Mikäli rajoituksien suhteen annetaan alueille mahdollisuus määritellä toimien toimeenpanosta on se hoidettava keskitetysti. Valtakunnan eri alueitten tartuntatilanteen kehittymistä tulee seurata aktiivisesti ja kohdentaa toimet sitten sen mukaan. Seurantaa voidaan tehostaa yhdistämällä tähän myös matkapuhelinverkoista saatava data ja mahdollisesti myöhemmin käyttöönotettavat tartuntaketjujäljityssovellukset. Kokonaiskuvan saaminen on tärkeää tässä vaiheessa epidemiaa.

Tallennettu kategorioihin COVID-19, korona, koronaepidemia | Avainsanoina | Kommentit pois päältä artikkelissa Koronaepidemia ja alueelliset täsmärajoitukset

Tartuntaketjujen jäljitys prioriteettilistan kärkeen

Suomen tartuntatilanne on tätä kirjoitusta kirjoitettaessa, hienoisesti rauhoittunut ja viimeksi eilen (23.4.2020) uusia tartuntoja oli 155 kpl edellisepäivään verrattuna. Tartuntojen maksimimäärä toistaiseksi on ollut 6.4.2020, jolloin tartuntoja oli 208 kpl.

Kallista lystiä

En ole saanut käsiini euromääräisiä summia, paljonko vuorokausi maksaa nykyisellään rajoitusten Suomessa, mutta valistunut arvaukseni on että useita kymmeniä ellei satoja miljoonia vuorokaudessa. Tämä saattaa päättäjät vaikeaan tilanteeseen, kun toisaalta talouden rattaat tulisi saattaa mahdollisimman nopeasti toimintaan ja toisaalta liian hätiköidyt päätökset saattavat johtaa tartuntojen eksponentiaaliseen kasvuun.

Ikäryhmästä ja taudin vakavuudesta riippuen toipumisaika voi maksimissaan olla 6 viikkoa. Taudin helpoimman version sairastaa 2 viikon aikana. Kansantalouden kannalta jokainen menetetty tuotantopäivä vaikeuttaa tulevien sukupolvien kykyä hoitaa kertynyttä velkaa.

Oireettomat tartuttajat

Paljon on puhuttu myös ns. oireettomista tartuntaketjun alkupään edustajista ja näistä kaikki asiaan vihkiytyneet kaipaavat kipeästi lisätietoja.
”Tämän taudin ongelma on, että se voi levitä jo ennen kuin oireet alkavat. Viruseritys on runsaimmillaan oireiden alkamisen tuntumassa tai juuri ennen” kertoo Husin infektiosairauksien ylilääkäri Asko Järvinen HS jutussa, joka julkaistiin 21.4.2020.
Mitä tämä seikka sitten tarkoittaa testauksen näkökulmasta? Tällä perusteella pitäisi testata suurin osa väestöstä (70-80%) tai ainakin se osa, joka liikkuu ja käy töissä poikkeustilan aikana.

Varmaankaan koko väestön testaaminen ei tule kysymykseen, mutta satunnaisotannalla voitaisiin kartoittaa vasta-ainepitoisuudet alueellisesti suhteellisen luotettavasti. Tapoja, joilla tämän tyyppistä kartoitusta voitaisiin myös tehdä on muitakin.

Muiden maiden kokemusten perusteella tulisi myös karanteeniaikaa jo tartunnan saaneiden tai altistuneiden suhteen kasvattaa. Neljätoista vuorokautta tulisi vaihtaa 21 vuorokauteen.

Maailmalta saatujen tietojen ja jo julkaistujen artikkeleiden perusteella on ilmennyt, että osa näistä tartunnan saaneista taudinkantajista ovat “tehokkaampia” viruksen levittäjiä. Osa tästä voi johtua muistakiin syistä, mutta näiden “supertartuttajien” mahdollisimman aikainen havaitseminen olisi myös tärkeää. Rajoitusten höllentyessä saattaa ns. toinen aalto olla paljon fataalimpi, juuri näistä syistä johtuen.

Hämmästyttävään tulokseen päätyi epidemiologien ryhmä arvostetussa London School of Hygiene and Tropical Medicine -yliopistossa. Heidän arvionsa mukaan kymmenen prosenttia viruksen kantajista on vastuussa 80 prosentista kaikkia tartuntoja. Tutkimuksellista panostusta tulisikin suunnata juuri erityisesti niihin, joilla tautimuoto ei kehity flunssaa vakavemmaksi sairaudeksi. En voi siis liikaa hehkuttaa rekisteritutkimuksen huomattavia mahdollisuuksia tuottaa arvokasta tietoa ja ratkaisuja juuri tähänkin asiaan.

Jätevesiseuranna avulla reaaliaikaista tietoa viruksen levinneisyydestä

Miten sitten voisimme kartoittaa alueittain väestön vasta-ainemääriä SARS-CoV2 -viruksen levinneisyyden toteamiseksi? Eräs mielenkiintoinen keino on tutkia näitä pitoisuuksia jätevesiseurannalla. Suuret kaupungit ovat jo nyt mukana THL:n jätevesitutkimuksissa ja näin ollen tätä jo olemassa olevaa järjestelmää voidaan käyttää tähänkin tarkoitukseen. Jätevesitutkimus täydentää vasta-ainetestauksesta ja yksilöiden koronatesteistä saatavaa kokonaiskuvaa viruksen ilmaantuvuudesta..

Jotta tämä tutkimus olisi mahdollisimman vaikuttavaa olisi tämä tehtävä reaaliaikaisesti. Toisin sanoen mittaus tulisi tapahtua jatkuvatoimisesti. Mittaustuloksia verrataan alueellisesti testattujen kesken ja tätä kautta voitaisiin varmentaa vasta-ainemuodostus. Tällä tavoin jätevesitutkimuksen dataa pystytään validoimaan ja saada siitä entistä luotettavampaa. Jätevesitutkimus kattaa varsin suuren osan Suomen väestöstä ja haja-asutusalueen data voitaisiin hankkia siirrettävien mittauslaitteistojen tai pelkästään koronatestien tai vasta-ainetestauksen perusteella.

Mikäli jätevesitutkimus voidaan toteuttaa luotettavasti, niin siitä voisi tulla tulevaisuudessa seurantaväline, jolla voidaan todeta viruksen aktiivisuus ja väheneminen alueellisesti. Emme näet vielä tiedä, kuinka kauan riittävä vasta-ainepitoisuus pysyy ihmisen kehossa. Olen myös lukenut artikkeleista, että vuoden jälkeen osa tartunnan saaneista sairastuu, mutta sitten suurin osa ei saa ollenkaan oireita, altistuksesta huolimatta. Tämä on hyvä uutinen, mutta tarvitaan vielä huomattavan paljon enemmän aikaa ja tutkimusta, jotta voisimme olla varmoja asiasta.

Kontaktien kartoitus

Kontaktien kartoituksen tavoitteena on tunnistaa lähikontaktit mahdollisimman varhain. Alueen epidemiologisesta tilanteesta ja voimavaroista riippuen kontaktit tunnistetaan, listataan ja luokitellaan lähikontakteihin ja muihin kontakteihin. Tähän työhön tulisi varata riittävästi resursseja, jotta kaikki potilaan kanssa tekemisissä olevat pysytään tavoittamaan ja ohjaamana jatkotoimenpiteisiin. Yksikin tavoittamaton lähikontakti voi johtaa tilanteeseen, jossa tauti pääsee “vuotamaan” jo hyvinkin tarkkaan tehdystä esivalmistelusta huolimatta.

Lähikontakteilla tarkoitetaan henkilöitä, jotka ovat oleskelleet tartunnan saaneen kanssa kasvotusten tai samassa huoneessa yli 15 minuuttia. Määritelmän mukaan heitä ovat: samassa taloudessa asuvat ja siellä vierailleet henkilöt, COVID-19-tapauksen matkaseurue,
luokka- ja työkaverit. COVID-19-tapausta hoitanut terveydenhuollon henkilökunta ja COVID-19-näytteitä käsitellyt laboratoriohenkilökunta.
Lähikontakteihin otetaan yhteyttä ja heille kerrotaan mahdollisesta tartunnasta sekä hoitoon hakeutumisesta.

Lähikontakteja neuvotaan välttämään sosiaalisia kontakteja ja matkustamista sekä seuraamaan oireiden kehittymistä 14 vuorokauden ajan viimeisen altistumisen jälkeen.

Kunnan tai sairaanhoitopiirin tartuntataudeista vastaava lääkäri voi tartuntatautilain (1227/2016) perusteella määrätä lähikontaktin karanteeniin, jos tämän terveydentilan aktiivinen seuranta ei onnistu luotettavasti muilla toimenpiteillä. Kotikaranteenin järjestämisessä otetaan huomioon riskiryhmät eli yli 70-vuotiaat ja henkilöt, joilla on perussairauksia. Lähde: THL

Mitä tapahtuu seuraavaksi?

Toistaiseksi tiedämme liian vähän. Lukuisa joukko tiedeyhteisöjä ponnistelee paraikaa tämän ongelman parissa. Kilpajuoksu lähestyvän talouskatastrofin ja viruksen selättämisen välillä on käynnissä. SARS-CoV2 -virus on laittanut kansantaloudet eri puolilla maailmaa painetestiin ja viimeistään tässä kohtaa valtioiden välinen yhteistyö on ratkaisevassa roolissa. Suomessa aletaan pikkuhiljaa purkamaan rajoituksia. Tilannetta seurataan tarkasti ja koululaisten suhteen ratkaisuja saadaan toukokuun alkuviikkoina.

Tallennettu kategorioihin Helsinki, korona | Avainsanoina , , | Kommentit pois päältä artikkelissa Tartuntaketjujen jäljitys prioriteettilistan kärkeen

Rekisteritutkimus ja ryhmittelyanalyysit apuun taistelussa SARS-CoV2 -virusta vastaan

Tilastomatemaattisilla menetelmillä voidaan tuottaa reaaliaikaisesta tietoa koronaviruksen aiheuttamasta taudista ja niiden avulla pystytään saamaan varsin luotettavasti tietoa niistä varhaisen vaiheen oireista, jotka ennustavat parhaiten vakavaa tautimuotoa COVID-19 sairaudesta. Tässä artikkelissa kuvaan pintaraapaisuna, mitä mahdollisuuksia data-analyysit voisivat tuoda tähän vallitsevaan tilanteeseen. Näkemykseni on että SARS-CoV2 -virus selätetään hyvin organisoidulla rekisteritutkimuksella, joka on koordinoitu maailmanlaajuisesti. Tukimustietoa tarvitaan vielä runsaasti niistä riskitekijöistä, jotka altistavat COVID-19 potilaat tehohoitoon.

Eri lähteissä on jo tehty näitä COVID-19 potilaiden oireisiin liittyviä analyysejä ja varsin luotettavana voisi pitää New Yorkin yliopistossa tehtyä analyysiä niistä oireista, jotka luotettavasti ennustivat taudin etenemistä vaikeaan tilaan. ALT entsyymin kasvu (alaniiniaminotransferaasi), kova lihaskipu (MYALGIA). Kolmantena selittävänä muuttujana todettiin tässä tutkimuksessa olleen korkea hemoglobiiniarvo (B-Hb). ALT -arvon nousu on siinä mielessä mielenkiintoinen muuttuja, koska siinä tapahtuu muutos yleensä hyvin varhaisessa vaiheessa, ennen kuin muut elimelliset oireet alkavat.

Toimenpiteiden määräytyminen varhaisten signaalien perusteella

Mitä hyöty on sitten tietää varhaisessa vaiheessa olevan COVID-19 sairauden kehittymistä vaikeaan tautimuotoon? Suurin hyöty lienee se, että näin lääkärit pystyvät näiden merkkien perusteella ryhmittelemään suuren joukon tartunnan saaneita ja lievästi oirehtivia potilaita jo ennalta. Hoidon ja tarvittavan laitekapasiteetin suunnittelu helpottuu ja pystytään paremmin antamaan oikea-aikaista hoitoa näille ryhmille.

Ryhmittelyanalyysit ovat varsin arkipäiväisiä asioita tilastoanalyysien tekijöille. Olen itsekin näitä ryhmittelyitä tehnyt suurelle potilasjoukolle ja tuolloin yllätyin itsekin menetelmän tehokkuudesta varsinkin, kun data-aineiston alkutilanteessa oli tarvetta tutkia kymmenien taustamuuttujien vaikutusta haluttua muuttujaa vasten. Käytännössä analysonti data-aineiston suhteen etenee aina tietyn proseduurin mukaan. Tarvitaan vain tieto, mitä muuttujaa vasten halutaan saada selittäjämuuttujien analyysi. Yleensä tähän vaiheeseen osallistuu suuri joukko asiantuntijoita, joiden asiantuntemusta käytetään parviälytyyppisesti. Asiantuntijajoukko luo ja määrittää reunat muuttujavalinnoille ja data-analyytikko tuottaa sitten alustavat tulokset näiden määritysten mukaisesti.

On toki tullut itsellekin tilanteita vastaa, joissa tämäkään lähestymistapa ei tuota onnistunutta lopputulosta vaan joudutaan tekemään iteratiivista data-analyysiä usealla eri muuttujayhdistelmällä. Tähän ja muihinkin data-analyysien tekoon löytyvät huikeat työkalut mm. R-ohjelmakirjastoista.

Datan laatu ja saanti ovat sellaisia tekijöitä, joiden kanssa data-analyytikot yleensä taistelevat eniten ja osittain näiden tekijöiden johdosta joudutaan tekemään kompromisseja. En kuitenkaan usko, että tässä COVID-19 potilasjoukon tarkastelussa tulisi mitään rekisteritutkimuslupiin liittyviä ongelmia, koska kaikkien etuhan on, että tautiin löydetään parannuskeino ja se hyöty, jonka rekistesteritutkimus voi asiaa kohtaan tuoda on kansanterveyden kannalta huomattavan suuri.

Datan käsittelyyn kuuluu myös merkityksettömien muuttujien poissulkemisia, jotta mukaan otetaan vain sellaiset muuttujat, jotka parhaiten kuvaavat selitettävää muuttujaa. Poissulkemiseen löytyy useita menetelmiä, mutta yksinkertaisimmillaan regressiomallinnuksella päästään hyvään lopputulokseen. Initiaalimallin avulla haetaan maksimaalista R-arvoa, eli sellaista muuttujamixiä, joka parhaiten selittää selitettävän muuttujan käyttäytymistä suhteessa selittäjämuuttujiin.

Ryhmittelyanalyysiä

Suuresta joukosta regressioanalyysin muuttujaryhmistä valitaan sitten sellaiset ryhmät tai vain pelkästään yksi muuttujaryhmä, johon voidaan kohdistaa esim. k-means -menetelmällä ryhmittelyanalyysi. K-means menetelmässä haetaan muuttujien havainnoista sellaisia dataryhmiä, jotka eniten ”muistuttavat toisiaan” tai jotka syystä tai toisesta ovat havaintoja samassa ryhmässä vaikkakin ovat eri muuttujian havaintoja. Näiden väliltä löytyy siis jokin yhteinen ”tekijä”, jonka johdosta kyseiset havainnot ovat samassa ryhmässä. Huomautettakoon tässä kohtaa, että rajauksena tässä olisivat vain sellaiset yksilölliset havaintorivit, jotka kuuluvat COVID-19 diagnoosin saaneille.

Riskitekijöiden laajempi tarkastelu on kansallisesti ja kansainvälisesti laajemman rekisteritutkimuksen paikka ja se voidaan tilanteen vakavuudesta riippuen kohdistaa, joko koko väestöön tai vain tiettyyn ennalta määritettyyn riskiryhmään. Tästä asiasta kerron lisää toisessa artikkelissani. 

Klusterointia

Yhteisen tekijän omaavaa havaintojoukkoa voidaan kutsua tässä vaikka klustereiksi. Mikäli kysymyksessä olisi COVID-19 potilaan havaintoaineisto, niin siinä olisi tyypillisesti iän ja sukupuolen lisäksi taustamuuttujina tartunnan saantiaika, mahdollisesti vähäoireisuusaika ja sitten tarkempaa tietoa siinä vaiheessa, kun potilas on siirretty osastohoitoon tai mahdollisesti tehohoitoon. Tehohoidon osalta jokaisesta hoidettavasta potilaasta löytyy valtava määrä dataa aina kehon lämpötilasta lukuisiin laboratorianalyyseihin verenkuvasta jne. Terveyden- ja sosiaalihuollon, Kelan reseptitietokannan rekisteritietojen yhdistäminen on myös jossain vaiheessa oleellista, mutta tästäkin kokonaisuudesta kirjoittelen sitten myöhemmin.

Selitettävänä muuttujana vaikea COVID-19 sairaus

Näitä muuttujajoukkoja (klustereita) voidaan ajaa sitten regressio tai neuroverkkotekniikoilla vasten selitettävää muuttujaa. Tässä tapauksessa selitettävä muuttuja on yksinkertaisesti kaikki ne tapaukset, joilla ilmeni vaikea COVID-19 sairaus ja joka johti tehohoitoon tai sitten joissakin tapauksissa kuolemaan. Se klusteri, joka sai korkeamman R-arvon (selitysasteen) pääsee jatkoon eli tuohon klusteriin liittyviin havaintoriveihin (potilaisiin) kohdistetaan tutkimuksellisesti eniten panostuksia. Tämä ryhmä määrittää myös myöhemmin ns. riskiryhmäarvioinnin, joka mahdollisesti voi olla alueellisestikin erilainen eri osissa maata. Saattaa toki olla, että nykyisiin riskiryhmämääritelmiin ei tämä tutkimus toisi mitään uutta, mutta tässä lähestymistavassa uutuus olisikin se, että riskiryhmään lukeutuvat pystytään identifioimaan ja heille voidaan antaa räätälöityjä ohjeistuksia miten tilanteessa kannattaa toimia.

Malminkartanossa 16.4.2020, Marko Ekqvist DI, tekoälytutkija

ps. mikäli artikkeli herätti kysymyksiä, niin voit lähettää kysymykset suoraan viestipalveluun tai soita numeroon +358 45 1200 944

Tallennettu kategorioihin COVID-19 | Avainsanoina , , , | Kommentit pois päältä artikkelissa Rekisteritutkimus ja ryhmittelyanalyysit apuun taistelussa SARS-CoV2 -virusta vastaan